Yamaha R3 GYTR là phiên bản đặc biệt được Yamaha tiết lộ tại sự kiện EICMA 2018 . Được trang bị động cơ R3 GYTR hoặc Công nghệ đua chính hãng Yamaha, phiên bản này nằm trong kế hoạch sản xuất giới hạn đi kèm hàng loạt trang bị cao cấp. Yamaha R3 GYTR phiên bản đặc biệt được tiết lộ tại EICMA 2018. Yamaha R3 thế hệ mới 2019 được giới thiệu trước sự kiện ra mắt EICMA 2018 với thiết kế mang ảnh hưởng từ đàn anh R6 với nhiều năng cấp đem lại sự cạnh tranh hoàn hảo với các đối thủ cùng phân khúc như Kawasaki Ninja 400, Honda CBR250RR,...tuy nhiên nhân dịp sự kiện ra mắt hàng loạt mẫu xe mới tại Ý, Yamaha cũng đã tiết lộ một phiên bản đặc biệt mang tên R3 GYTR với ngoại hình tuy không khác nhiều với bản tiêu chuẩn nhưng được cung cấp một số phần cứng đặc biệt bao gồm hệ thống treo Ohlins Racing, phanh đĩa phía trước Brembo, hệ thống xả titan Akrapovic và bộ động cơ GYTR. Bộ dụng cụ đặc biệt này giúp động cơ tuân thủ các quy định FIM của World Supersport 300 2019. Bộ công cụ đua xe sẽ cải thiện số hiệu suất mặc dù Yamaha vẫn kín đáo về bất kỳ số liệu nào. Với những trang bị này khiến cho phiên bản đặc biệt R3 GYTR sở động cơ 2 xy-lanh 321cc cho sức mạnh 42 mã lực tại 10,750 rpm và mô-men xoắn cực đại 29,6 Nm tại 9.000 vòng / phút, DOHC. Vì là phiên bản cung cấp cho đường đua nên R3 GYTR đã loại bỏ các chi tiết như gương chiếu hậu, chắn bùn sau và pát biển số để nhấn mạnh tính khí động học, giảm trọng lượng thân xe, vị trí yên xe trở thành solo mang đậm phong cách đường đua. Về phần thiết kế bên ngoài vẫn giữ lại ở mô hình R3 2019, những cải thiện này giúp cho mẫu R3 2019 tăng tốc độ 8km/h so với thế hệ trước đó. Yamaha R3 GYTR được biết sẽ nằm trong diện sản xuất giới hạn. Thông số kỹ thuật Yamaha R3 GYTR: Động cơ 2 xy-lanh DOHC Dung tích 321cc, công suất 42 mã lực tại 10,750 rpm Mô-men xoắn cực đại 29,6 Nm tại 9.000 vòng / phút
