Yamaha R1M là phiên bản cao cấp dựa trên nguyên mẫu Yamaha R1 với số lượng giới hạn theo từng năm. Tương tự bộ đôi H2 và H2R của Kawasaki, Yamaha R1M là phiên bản dành cho đường đua, mang nhiều công nghệ trên mẫu MotoGP M1. Việc lựa chọn sử dụng nó trên đường phố quả là khan hiếm và sang chảnh, tuy nhiên với đam mê của một chủ xe người Thái ngoài việc mua về sử dụng với mức giá khá cao thì mẫu R1M này còn được nâng cấp với diện mạo full option. Yamaha R1M độ ấn tượng với bản dựng full option. Sự khác biệt đầu tiên giữa R1 và R1M thể hiện ở chất liệu dàn áo, nếu R1 sử dụng nhựa cao cấp thì R1M được phủ sợi carbon. Hệ thống treo trước sau được lựa chọn từ thương hiệu Ohlins làm tiêu chuẩn. Tăng sự nổi bật cho tác phẩm này đầu tiên xin nhắc đến đó là hệ thống dây dầu Earl's màu dạ quang được bấm đầu theo phong cách MotoGP kết hợp với ngắt dầu Stahlbus. Trong khi hệ thống phanh được sửa đổi mạnh mẽ với cùm phanh Brembo Rossi 19x19 trên tay lái kết hợp nhuần nhuyễn với cặp Brembo Nickel GP4RX ở phía trước và đĩa Brembo T-Drive / phanh Brembo Nickel 2pis đối xứng ở sau kết hợp pen đạp Brembo Billet và bộ số gãy Gilles Tooling. R1M trang bị khối động cơ crossplane 4 thì, làm mát bằng chất lỏng, phun nhiên liệu điện tử, bốn xi-lanh thẳng hàng, dung tích 998 cc, sản sinh 200 mã lực tại 13.500 vòng/phút cùng 112,4 Nm mô-men xoắn tại 11.500 vòng/phút. Cuối cùng sự hoàn thiện của bản độ này cần được nhắc đến với bộ ống xả SC-Project titanium fullsystem.
