Yamaha XJR 1300 lấy cảm hứng thiết kế từ một chiếc xe độ có tên Rhapsody in Blue. Khung xe cứng cáp với một khung thép kép đôi, Các chi tiết phụ bao gồm ốp thân và tay lái bằng nhôm, đèn pha cỡ nhỏ và yên xe được may hoàn toàn bằng thủ công, từ một chiếc sport-tourer thời thượng, Yamaha XJR 1300 đã biến thành xe Cafe Race ấn tượng. Không có nhiều thay đổi lớn so với khung xe ban đầu, tuy nhiên, hình dáng của nó khiến bạn khó có thể nhận ra so với phiên bản gốc. Phần đầu đậm chất Phong cách Cafe Race. Thiết kế đơn giản với đèn pha tròn dạng cổ được che chắn những đường cắt ngang nổi bật. Bình xăng Yamaha XJR 1300 được sơn với tông màu đen cứng cáp cùng đường sọc giữa họa tiết, bên hông bình xăng hiển thị tên của Yamaha nổi bật. Yên xe được thiết kế lại dạng solo, phía sau đuôi bo tròn có phần nhô ra sau kiểu cổ điển. Hệ thống côn dầu thương hiệu Brembo RCS. Hệ thống phuộc trước Upside Down Showa thay thế. Trang bị Phanh Brembo kết hợp đĩa phanh Arashi. Giảm shock sau Ohlins dạng mono shock thay thế cho dạng đôi 2 bên như nguyên bản. Xe vẫn giữ nguyên động cơ 4 xi-lanh thẳng hàng dung tích 1.251 phân khối làm mát bằng không khí. Xe sở hữu gắp sau dạng đôi chắc chắn cùng hệ thống phanh đĩa dạng đơn phía sau. Vành xe dạng hợp kim thay thế cho vành 3 chấu nguyên bản. Lốp xe thương hiệu Pirelli Diablo Supercorsa. Yamaha XJR1300 cho công suất 96,4 mã lực tại vòng tua máy 8.000 vòng/phút, mô-men xoắn cực đại 108 Nm tại 6.000 vòng/phút. Xe sở hữu hộp số 6 cấp. Sự kết hợp màu sắc, vàng, đen, mang đến cái nhìn hoàn hảo - đi kèm động cơ 4 xi lanh 1.251 phân khối mạnh mẽ cho thấy với nó quả là một mẫu cafe racer "đẹp, độc, mạnh và lạ" qua cái tên Black Storm. So dáng cùng chủ xe đẹp trai.
