Yamaha R3 lấy cảm hứng thiết kế từ dòng xe YZF-R Series của hãng xe Nhật Bản. Do đó, kiểu dáng xe mang nhiều đường nét thể thao, góc cạnh. Yamaha R3 là mô-tô cỡ nhỏ phát triển dựa trên R25 để bán ra tại thị trường châu Âu. R3 mặc định sử dụng kính gió lớn, bộ vành mâm nhiều chấu thể thao, thắng đĩa lớn cùng hệ thống ghi đông đặc trưng của dòng Sport City giúp xe dễ dàng kiểm soát trên những đô thị đông đúc. Yamaha R3 độ đầy ấn tượng bên bộ cánh Matte Gray Khoác trên mình bộ cánh màu xám nhám nổi bật với dàn mâm xanh neon tươi tắn Phần đầu xe nổi bật với cụm đèn pha đôi thiết kế góc cạnh. Đây cũng là điểm nhấn giúp R3 thêm hút mắt, kính hậu loại bỏ thay vào đó pát chân kiếng CNC thon gọn Đèn pha đôi R3 giống như hình ảnh một chú chim săn mồi dũng mãnh với tốc độ nhanh như cắt, mang đến vẻ khác biệt, sắc sảo và thời thượng Được trang bị cùm phanh dầu trong suốt RCB, bộ ống xả Akrapovic cho âm thanh hùng hồn đi kèm những cú vít ga đột ngột R3 dù ở hình thức độ nào cũng có nét đẹp nhất định, không quá phô trương nhưng vừa đủ thỏa mãn người xem trong phân khúc tầm trung